$settings = json_encode(array(0=>array('geometry'=>array('type'=>'Point','coordinates' => '56.034, 36.992'),'properties'=>array('clusterCaption' => 'Геообъект №1',

'balloonContentBody => 'Содержимое балуна геообъекта №1.')),1=>array(...)));

echo "<script>

var settings = '".$settings."';

myGeoObjects = [];

$.each(settings,function(key,value){

myGeoObjects[key(не обязательно)] = new ymaps.GeoObject(value);

});



</script>";